Sinopse

Ao continuarem sua jornada pela região de Johto, Satoshi e seus amigos visitam Altomare, uma cidade insular que abriga um evento anual de corrida chamado Pokémon Water Race. Enquanto Takeshi e Kasumi estão se divertindo, coisas estranhas parecem estar acontecendo com Satoshi - ele de alguma forma perde a corrida da água, vê algumas mulheres atacarem uma garota com seu Pokémon, e apesar de salvá-la, a garota mais tarde nega ter visto Satoshi e Pikachu antes! Felizmente para Satoshi, sua confusão se esclarece quando ele descobre que a garota que ele e Pikachu salvaram antes era na verdade um Pokémon chamado Latias, que gosta de se disfarçar de seu amigo humano, Kanon. Latias e outro Pokémon, Latios, são conhecidos como o Eon Pokémon, enquanto habitam e guardam Altomare junto com uma esfera azul mística chamada Soul Dew. Uma antiga lenda de Altomare está altamente ligada ao Eon Pokémon e ao Soul Dew, e é bem conhecida entre os moradores, bem como entre os assaltantes anteriores de Latias, as irmãs ladras Zanner e Lyon. Enquanto os ladrões tentam capturar tanto o Eon Pokémon como o Soul Dew, Satoshi é forçado a agir para impedi-los de trazer o desastre para Altomare. [Escrito por MAL Reescrever]